Для того, что бы автоматически отметить найденные дубликаты, нажмите правой кнопкой мыши в списке найденных дубликатов, в выпавшем меню выберите пункт "Отметить">"Автоотметка", либо "Ctrl+Insert", на клавиатуре.
Вы можете, изменить значение, оставляемых копий. Для этого выберите "Инструменты">"Настройки">"Автоотметка", либо нажав правой кнопкой мыши в списке найденных дубликатов, в открывшемся меню выбрать пункт "Отметить">"Параметры Автоотметки", либо нажав "Ctrl+2", на клавиатуре. В открывшемся окне настроек изменить значение пункта "Оставлять по N копий дубликатов", где N - число не отмечаемых копий.
Так же, автоматически отмечаются файлы с нулевым размером, вы можете убрать этот флажок, всё в тех же настройках.